posts_nav_link と query_posts を両方使用すると、TOPページやカテゴリページで posts_nav_linkが機能しないようです。

posts_nav_link は、次のページへのリンクを付けるタグ
query_posts は、投稿記事が多くなるトップページやカテゴリで任意のカテゴリのみ表示したりするタグです。

カテゴリページであればカテゴリごとに category.php を作れば query_posts を使う事は無いので問題は少ないです。
問題はトップページです。　排除したいカテゴリがある場合は、query_posts で指定したいのですが、「次のページへのリンク」が機能しないです。
表示はされるが、リンク先も全く同じトップページになる。

現状では解決策が見当たりません。
posts_nav_link と似たプラグイン pagenavi 入れてみても同じ結果です。
query_posts タグの使い方を工夫しれば使える可能性もありますが・・・・・・・・
良いアイデアをお持ちの方は、ぜひコメントお願いします。